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ちょっと変わった環境での開発環境の提案(smb、webdav上のファイルを複数PCで管理)

現在自宅サーバー上にsmbとwebdavを入れて、そこに開発環境を整えています。
具体的には

/var/www/html
フォルダを、内部からはsmbで、外からではwebdavでファイル共有し、
/var/www/html/site01

/var/www/html/site02というサイトを設置、それぞれで開発しています。

これで普通に問題は無いのですが、ここにgitでバージョン管理をするとめんどくさいことになっています。要は、このサーバー上をローカルリポジトリとして運用しているのです。
なぜこんなことをしているかというと、PC上には開発データをおきたくないというのが理由です。たとえば、メインのPCはHDDが大容量ですが、ほかのサブ機は容量が少ないのです。
なので自宅サーバーに開発データをおいて、そこで開発をしています。
ですが、これで1つ問題が・・・
smbでローカルで開発しているときは、gitを問題なく使えるのですが、webdav経由でファイルを編集して、git commitなどgitを操作するとエラーが出るのです。
どんなエラーかもよく分からないのですが、とりあえず「リポジトリがおかしくなる」程度には問題が起こります。(直すのに苦労しました)
理想としては、webdavでファイル編集してもgit commit等が普通にできるようにしたいなのですが、この運用方法がおかしいことは理解しています。
なのでPC自体データを入れないで自宅サーバーで開発という今のスタンスを壊さないで、バージョン管理ができる別の方法でもいいです。
そういった運用がスマートにできる方法がしりたいです。

私自身がサーバーなど詳しくないので、素人と話しても大丈夫な方がいいです。
よろしくお願いいたします。

求めるスキル : 制作環境 / サーバ環境構築 / Apache / git / CentOS / Samba
支払い方式 : 固定報酬制
予算 : 予算はメンバーと相談する

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